深圳大学档案馆是本校档案利用中心、电子文件中心、档案安全保管基地和校情教育基地，对全校档案信息资源进行优化整合，实现档案信息资源集中管理、实时共享和开发利用。本馆前身为1992年成立的综合档案室，隶属校长办公室，实行党政档案统一管理。2016年5月成立档案馆，挂靠党政办公室。2021年10月，调整为学校教辅部门、二级单位。目前设有综合办公室、接收指导室、保管利用室、信息技术室、校史馆及档案编研室、学生档案室等6个科室。2007年12月，成立了以校领导为主任的学校档案工作委员会，负责对学校档案工作实行统筹规划、组织协调、监督和指导。学校档案实行部门立卷，形成校领导--档案馆--各学院、职能部门档案工作人员三级工作网络。

档案馆位于深圳大学粤海校区，2017年搬入档案馆新楼，大楼外观以印章为设计理念，正墙面嵌入深圳大学粤海校区早期地图，双侧面篆刻“岁月如金”，占地面积3535平方米，建筑面积7741平方米。一楼为校史馆，面积1279㎡，于2020年10月开馆；二至五楼为库房、功能用房及办公室。档案馆基础设施完备，查档利用室、档案整理室、数字化处理室、消毒室等功能用房齐全。档案保管条件较为完善，实体库房共16个，总面积2565㎡，均安装有恒温恒湿设备，其中7个库房已安装共计2100m³的档案密集架。馆内设有档案专用机房（电子档案库房），存储容量达1P。2017年，开通本馆微信公众号——“深圳大学档案馆”。2018年成立校级社团——“深圳大学校史协会”。2020年，档案馆官网正式上线。

近年来，在学校领导的关心和支持下，深圳大学档案工作发展迅速，数字档案馆建设取得重大进展，不断推进档案数字化、档案信息化建设，建立电子文件归档平台，突破时间和地域限制，实现档案归档、查询利用网络化，未来将继续致力于为学校师生和社会各界提供优质的档案服务。

深圳大学档案馆2020年被评为广东省高校档案工作协会先进单位。目前是深圳市档案学会理事单位、广东省高校档案工作协会副理事长单位兼第五协作组组长单位。